El Centro Experimental de Ingeniería (CEI) cuenta con seis laboratorios, los cuales son:

El Laboratorio de Ensayo de Materiales- LEM. Es una unidad de investigación y extensión que se dedica al control de la calidad de los materiales de construcción para garantizar que, las características físicas y mecánicas de los materiales cumplan con las especificaciones técnicas de cada producto, las normas y reglamentos técnicos vigentes a nivel nacional, brindando servicios a las empresas privadas, nacionales e internacionales, así como también a las instituciones estatales. Además, ofrece servicios de apoyo a la investigación y docencia.

El Laboratorio de Geotecnia- LABGEO. Centra sus funciones en aspectos como ensayos de campo y de laboratorio enfocados en las áreas de mecánica de suelos, mecánica de rocas y materiales para carreteras. Este laboratorio juega un papel fundamental en el proceso de investigación geotécnica para una obra civil. Las muestras obtenidas en campo son procesadas en el laboratorio con la finalidad de obtener parámetros que son utilizados por los ingenieros estructurales y geotécnicos para analizar el comportamiento del terreno y plantear soluciones confiables al sistema suelo-fundación.

El Laboratorio de Metrología- LABM. Ha ido expandiendo su rango de actividades para responder a la creciente demanda del sector industrial del país ante las exigencias del mercado local, como también en el altamente competitivo mercado internacional garantizando la confiabilidad de las mediciones. Con un personal altamente capacitado, instrumentos y patrones de primera calidad trazados en importantes centros metrológicos nacionales e internacionales, el LABM ofrece servicios de calibración, soluciones a problemas metrológicos y asesorías en calidad.

El Laboratorio de Análisis Industriales y Ciencias Ambientales- (LABAICA). Efectúa análisis químicos, fisicoquímicos, microbiológicos, fisicomecánicos especiales (a materiales de baja resistencia mecánica), como parte de servicios que se brindan a empresas privadas y entidades públicas, así como para apoyar la labor docente y al sector de investigación tanto de la Institución como de entidades externas. También brinda asesorías, apoyo técnico, peritales, a solicitud de entidades Públicas y dentro del marco del proceso como la implementación de normas, reglamentación, certificación de producto, acreditación, cumplimiento de decretos y leyes del país, vinculados al ámbito de acción de LABAICA.

El Laboratorio de Estructura- (LABEST). Desarrolla pruebas experimentales, enfocadas a aportar conocimiento al campo de la ingeniería estructural en Panamá en las áreas de Ensayos de Elementos o Sistemas Estructurales, Ensayos Estructurales de Equipos de Seguridad de la construcción e Inspecciones, Diseños y Evaluaciones Estructurales.

El Laboratorio de Investigación en Ingeniería y Ciencias Aplicadas- (LIICA). Es una unidad de investigación y extensión, que está en capacidad de brindar servicios de alto nivel profesional, tomando en cuenta los últimos procedimientos y protocolos admitidos internacionalmente.

El Sistema de Gestión de la Calidad (SGC) del Centro Experimental de Ingeniería.

Está basado en las normas vigentes ISO/IEC 17025 Requisitos generales para la competencia de los laboratorios de ensayo y calibración e ISO/IEC 17020 Requisitos para el funcionamiento de diferentes tipos de organismos que realizan la inspección.

Tiene un Comité de Calidad con representantes del Sistema de Gestión que trabaja en el mantenimiento y adecuación del sistema de gestión implantado, donde fundamentalmente la competencia del personal y el aseguramiento de la validez de los resultados son los objetivos fundamentales de mejora continua.

Actualmente, el CEI cuenta con ensayos acreditados por el Consejo Nacional de Acreditación (CNA) correspondientes al Laboratorio de Análisis Industriales y Ciencias Ambientales (LABAICA).